Mesmo sujeitos a estudos minuciosos, muito rigorosos, os medicamentos podem induzir reacções adversas relacionadas com factores não ponderados pelos investigadores durante a fase de experimentação. Estas reacções, quando têm uma gravidade ou incidência superior à prevista, são comunicadas pelos profissionais de saúde (médicos e farmacêuticos) ao Sistema Nacional de Farmacovigilância que funciona junto da Autoridade do Medicamento, o que vai permitir que se tomem medidas em prol da segurança na utilização dos medicamentos.

As reacções adversas podem estar relacionadas com múltiplos factores, como se passa a expor:

 - Factores dependentes do medicamento: a dose administrada (quanto maior for a dose, mais intensos serão os efeitos nocivos) ou a via de administração (há, por exemplo, medicamentos que, pela sua forma injectável, originam menos problemas do que os tomados em comprimidos).
 - Factores independentes dos medicamentos: podem ir da descoordenação dos serviços de saúde até aos erros na prescrição médica, passando pela informação pouco clara que é fornecida aos utentes (será também o caso em que o médico pode contribuir para que o medicamento se torne problemático, quando não toma devidamente em conta aos factores fisiológicos e patológicos específicos do paciente).

       

Há grupos mais vulneráveis aos efeitos adversos: quem sofre de alergias a determinados medicamentos, crianças e idosos, grávidas e mulheres que amamentam, doentes com problemas renais e pacientes que estejam a tomar vários medicamentos ao mesmo tempo.

No caso dos doentes, reconhece-se ser importante que se tomem algumas medidas, como se passa a especificar: deve evitar-se o consumo de medicamentos, de produtos à base de ervas, remédios caseiros, etc., por iniciativa própria ou aconselhados por outrem, sem antes falar com um profissional de saúde; não tomar medicamentos que foram receitados a outra pessoa (um medicamento seguro e eficaz para uma pessoa não o é, necessariamente, para outra, mesmo admitindo um diagnóstico idêntico); a toma sistemática de fármacos, por decisão própria, sem informar o médico ou o farmacêutico, pode levar a um atraso no diagnóstico de certas doenças ou a camuflar enfermidades de maior gravidade; o paciente deve tentar tirar o máximo partido da visita ao médico (preparar o que vai dizer, ser claro, directo e conciso, relatar o motivo da consulta, não hesitar em pedir explicações sempre que tenha dúvidas...), dizer quais os medicamentos que está a tomar (o risco de interacções aumenta proporcionalmente em função do número de medicamentos que estiver a tomar em simultâneo, sobretudo quando estes fazem parte de um tratamento de longa duração); exigir receitas claras e completas (devem constar da receita informações básicas como a dose, a frequência de administração do medicamento, bem como a duração do tratamento); ler o folheto informativo e esclarecer as dúvidas (quando a linguagem do folheto é muito técnica, o que acontece com alguma frequência, torna-se incompreensível para o doente, podendo levar a uma má utilização do medicamento); fazer o tratamento até ao fim; respeitar a dose e a forma de administração (não alterar estes dados por iniciativa própria).

 - Quando é necessário utilizar um inalador para administrar um determinado medicamento, é fundamental saber manejar devidamente o produto. Se sentir dificuldade em manejar sozinho este sistema, deve solicitar apoio na farmácia.
 - Os antibióticos nunca deverão ser tomados sem receita médica. Igualmente, não se devem guardar estes medicamentos após ter terminado o tratamento.

       
Não há medicamentos inócuos. Veja-se o caso dos analgésicos, que são os medicamentos mais utilizados em automedicação. Nesta categoria, inclui-se um grupo designado por AINES (anti-inflamatórios não esteróides) de que fazem parte medicamentos não sujeitos a receita médica, caso, por exemplo, da popular Aspirina. Este grupo de medicamentos é famoso pelos problemas gastrintestinais que pode provocar: desde alterações leves, como dores na parte superior do abdómen e náuseas, até úlceras intestinais e hemorragias gástricas.